El 28 de junio de 1997 fueron hallados los cadáveres del Che y otros seis compañeros de lucha, en la pista de un aeropuerto de la localidad de Vallegrande, Bolivia, en el sitio donde 30 años antes fuera asesinado por efectivos militares de ese país.
La búsqueda se activó en noviembre de 1995, luego de las declaraciones del militar Mario Vargas Salinas, un exalto oficial de las Fuerzas Armadas bolivianas, que confesó saber la ubicación de los restos del Che.
El líder histórico de la Revolución cubana, Fidel Castro, designó al doctor en Ciencias Médicas, Jorge González, entonces director del Instituto de Medicina Legal de La Habana, para encabezar la búsqueda científica, que tuvo que realizarse bajo múltiples presiones por su simbolismo.
Un día después que el Gobierno boliviano diera a los cubanos 48 horas de plazo para terminar, se produjo el hallazgo.
Adherida a los restos del Che, se encontró parte de su chaqueta verde olivo y además trozos del cinturón de cuero que llevaba el día que fue asesinado.
La recopilación durante décadas de informaciones y testimonios por investigadores cubanos y de otras nacionalidades fue clave y facilitó el quehacer de los geólogos, antropólogos forenses, biólogos, geofísicos y otros estudiosos de las ciencias sociales cubanas de 15 instituciones, que trabajaron en la búsqueda.
Bajo custodia, los restos fueron estudiados en suelo boliviano y sometidos a numerosas pruebas de identificación, y el 12 de julio de 1997 llegaron a La Habana, donde se recibieron con honores y respeto.
A su arribo la hija de Che Aleida Guevara expresó: «Hoy llegan a nosotros sus restos, pero no llegan vencidos; vienen convertidos en héroes, eternamente jóvenes, valientes, fuertes, audaces. Nadie puede quitarnos eso; siempre estarán vivos junto a sus hijos, en el pueblo».
Toda una generación de cubanos quedó marcada por las imágenes de la llegada de los féretros al aeropuerto militar de San Antonio de los Baños y su posterior traslado al mausoleo de la ciudad de Santa Clara, en el centro de Cuba, donde el Che libró una de las más importantes batallas de la guerra de liberación en la isla.
Miles de personas visitan anualmente la instalación, en la que además se atesoran documentos, fotos y piezas históricas relacionadas con la vida y obra del también conocido como Guerrillero Heroico.