Encrucijada resultó el municipio villaclareño más destacado en las acciones por el 5 de Junio, Día Mundial del Medio Ambiente.
Cuenta el territorio con programas sistemáticos dirigidos a las principales problemáticas ambientales, que recaen en la degradación de los suelos, la deforestación o daños marcados en la cubierta vegetal, la pérdida de la biodiversidad y la contaminación ambiental.
En la demarcación está ubicado el molino de piedra El Purio, que mantiene un notorio desempeño ambiental, y en todo lo concerniente a la innovación tecnológica. Los trabajos en cantera disponen de un sistema que disminuye la contaminación sonora, al tiempo que reutilizan los lodos derivados del proceso productivo en la fabricación de materiales de la construcción.
El territorio aplica las metodologías establecidas para el manejo sostenible de los suelos. En este sentido resaltan los polígonos ubicados en las áreas de Piñón, donde la Empresa Agroindustrial de Granos desarrolla diversas prácticas a favor del mejoramiento del suelo y cuenta con una parcela experimental dotada de diez variedades, para comprobar la resistencia ante la salinidad del terreno, en vinculación con el rendimiento.
Encrucijada desarrolla un programa dirigido al enfrentamiento del cambio climático (CC) e implementó los estudios de peligros, vulnerabilidad y riesgos (PVR), comprobados tras el paso del huracán Irma.
El área marina protegida Lanzanillo-Pajonal-Fragoso encamina sus proyectos al rescate de especies amenazadas, como el manatí antillano (Trichechus manatus) y la jutía rata (Capromys auritas).
El municipio posee 68 biodigestores y prevé la construcción de otros dos en el actual año; en tanto, los tres vertederos fueron rehabilitados y presentan una situación favorable.
No obstante, existen ocho focos contaminantes, y 22 convenios porcinos con más de un centenar de cerdos,que pudieran afectar fuentes de abasto de agua. Además, en dos de los asentamientos poblacionales predominan las fosas y letrinas.